Vermutlich war Jan van Amstel der ältere Bruder von Pieter Aertsen. Erstmals nachweisbar ist van Amstel 1527 als Rechtsvertreter seiner Frau Adriane van Doornicke, der Tochter eines Antwerpener Malers und Schwägerin Pieter Coecke van Aelsts. Er scheint zu diesem Zeitpunkt bereits seit einiger Zeit in Antwerpen gelebt zu haben. 1528 wurde van Amstel in die St. Lukas-Gilde der Scheldestadt aufgenommen und erhielt acht Jahre später, 1536, ebendort das Bürgerrecht. Da seine Frau 1544 in zweiter Ehe – sie ehelichte Gillis van Coninxloo d.Ä. – bereits einen Sohn zur Welt brachte, den späteren Maler Gillis van Coninxloo d.J., ist van Amstel vermutlich um 1542 gestorben.

Karel van Mander erwähnt van Amstel als hervorragenden Landschaftsmaler, der sowohl in Öl als auch mit Wasserfarben arbeite. Von seinen Werken ist heute keines mehr mit Sicherheit nachzuweisen. Vielfach wurde van Amstel mit dem Braunschweiger Monogrammisten in Verbindung gebracht . Diese Vermutung stützen u.a. die durch Quellen belegten Lebensdaten sowie die van Amstel dort zugeschriebenen Eigenschaften, die mit den stilistischen Eigenarten des Braunschweiger Monogrammisten korrespondieren. Auch wurde darauf hingewiesen, dass Pieter Bruegel d.Ä. einige formale Besonderheiten des Künstlers übernommen habe – eine durchaus plausible Erklärung, war doch der Schwager van Amstels, Pieter Coecke van Aelst, auch der Lehrmeister und spätere Schwiegervater Bruegels.