Die Geschichte der Sammlung
Noch vor der am 17. Oktober 1891 stattgefundenen Eröffnungsfeier des Hauses am Ring erhielt das Museum 1889 einen eigenen Beamten, der die zukünftig räumlich vereinigten Sammlungen von administrativen Agenden entlasten sollte. Die Akten dieser neu geschaffenen Verwaltungskanzlei, einer Außenstelle des Oberstkämmereramtes, verblieben im Museum und bilden den Grundstock des Museumsarchivs. Die sonstigen Musealakten des Oberstkämmereramtes, das bis zum Ende der Habsburgermonarchie die Oberleitung des Kunsthistorischen Museums innehatte, kamen größtenteils ins Haus-, Hof- und Staatsarchiv und teils ins Unterrichtsministerium, dem das Museum ab 1919 unterstand.
Die Akten der Verwaltungskanzlei wurden von Erwin M. Auer, der ab 1949 die Leitung der Bibliothek und 1968–1972 auch die Direktion des gesamten Museums übernahm, separiert und in einen 1968 bereitgestellten gesonderten Raum gebracht, wohin auch die von ihm zusammengetragenen Baupläne, Photographien, Nachlässe und andere museumsrelevante Dokumente gelangten. Unterstützt wurde Auer dabei seit 1959 durch Georg. J. Kugler, der 1973 die Leitung der Bibliothek übernahm. Der damals der Bibliothek zugeordnete Archivbestand wurde von Herbert Haupt betreut und durch Bergungs- und Personalakten erweitert.
1983, als das in der Neuen Burg beherbergte Museum Österreichischer Kultur aus dem Verband des Kunsthistorischen Museums ausschied, wurde ein Teil der nun freigewordenen Räume zur Einrichtung eines separierten Archivs bestimmt und Herbert Haupt mit dessen Leitung betraut. Die Konstituierung als eigenständige Abteilung erfolgte, nach einstimmigem Beschluss der Sammlungsdirektoren des Kunsthistorischen Museums, mit Bescheid des Bundesministeriums für Wissenschaft und Forschung vom 4. Juni 1986. Schließlich wurde das Museumsarchiv in der am 1. Jänner 1999 in Kraft getretenen Museumsordnung des Kunsthistorischen Museums (BGBl. II Nr. 463/1998) als zwölfte Sammlung des Hauses festgeschrieben und in das seit 1. Jänner 2000 gültige Bundesarchivgesetz (BGBl. I Nr. 162/1999) aufgenommen.
Herbert Haupt leitete das Archiv von 1983 bis 2009. Im Laufe dieser Jahre setzte er die von Alphons Lhotsky begründete Erforschung der Geschichte des Kunsthistorischen Museums fort und nahm die Quellen- und Regesteneditionen im Jahrbuch des Kunsthistorischen Museums wieder auf. Auch die hausinterne Provenienzforschung wurde unter ihm eingeleitet und vorangetrieben. Neben der umfangreichen wissenschaftlichen Tätigkeit, die in zahlreichen Publikationen Niederschlag fand, und der Erschließung der laufend hinzu gekommenen Archivbestände konnte Haupt auch eine räumliche Erweiterung des Archivs bewirken.
Seit Mitte 2009 hat Franz Pichorner, stellvertretender Generaldirektor und Generalsekretär des Kunsthistorischen Museums, die Direktion des Museumsarchivs inne und ist zugleich der Provenienzbeauftragte im Kunsthistorischen Museum.